Dopo Desiderio Garufo, altra "epurazione" in casa Catania. La ratifica, da parte dell'assemblea di Lega Pro dello scorso 21 giugno, delle rose composte da un massimo di 16 over 22 e un numero illimitato di under 22, impone una drastica selezione degli attuali componenti dell'organico. Per quanto riguarda il settore centrale della difesa, si va verso la riconferma della coppia Bergamelli-Bastrini e l'acquisto di almeno un under. Pelagatti è stato ritenuto dunque di troppo e si è proceduti alla risoluzione consensuale del rapporto.
Il difensore aretino era stato acquistato a titolo definitivo dall'Ascoli nel settembre del 2015, durante gli ultimi giorni della finestra di mercato riconosciuta ai club oggetto di processi sportivi che avevano determinato cambi di categoria. Partito titolare accanto a Bergamelli grazie allo stato di forma precario di Ferrario e agli infortuni di Bastrini, Pelagatti ha mantenuto il posto per l'intero girone d'andata, distinguendosi con buone prestazioni e coi due gol realizzati contro Ischia e Paganese. Nel girone di ritorno solo delusioni: due espulsioni, rimediate a Cosenza e Pagani, e la maglia da titolare persa definitivamente con l'arrivo di Moriero che ha promosso Bastrini, affidando saltuariamente all'ex Ascoli il ruolo di terzino destro.

Comunicato ufficiale Catania
"Carlo Pelagatti si congeda dal Catania: risolto il rapporto con il nostro club e conclusa così l’esperienza in maglia rossazzurra, il calciatore è libero di accordarsi con altra società per la stagione sportiva 2016/17."